Con số chính xác những người chết vì những chính sách của Khmer Đỏ đã bị tranh cãi, bởi nguyên nhân của cái chết của họ, và việc tiếp cận nước này bị hạn chế trong thời kỳ Khmer Đỏ cầm quyền và thời kỳ sau đó. Đầu những năm 1980, chính quyền Cộng hòa Nhân dân Campuchia do Việt Nam hậu thuẫn đã tiến hành một cuộc điều tra hộ dân trên toàn quốc, với kết luận rằng hơn 4,8 triệu người đã chết, nhưng hầu hết các nhà sử học hiện đại coi con số trên là không chính xác.

Những cuộc khảo sát hiện đại đã định vị được hàng nghìn ngôi mộ tập thể từ thời Khmer Đỏ trên khắp Campuchia. Nhiều cuộc điều tra ước tính con số người chết trong khoảng 0,74 tới 3 triệu, hầu hết ước tính trong khoảng 1,4 triệu tới 2,2 triệu, với khoảng một nửa chết vì bị hành quyết, và số còn lại vì đói khát và bệnh tật.[17]

• Điều tra của Liên Hiệp Quốc báo cáo ước tính 2–3 triệu, UNICEF ước tính 3 triệu người [18].
• Dự án Diệt chủng Campuchia của Đại học Yale được Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ tài trợ, ước tính xấp xỉ 1,7 triệu người, chiếm khoảng 21% dân số.[19]
• Rudolph Joseph Rummel ở Đại học Hawaii, một nhà phân tích lịch sử những vụ giết hại chính trị, đưa ra con số 2 triệu người.[20]
• Patrick Heuveline dựa trên phân tích nhân khẩu học ước tính khoảng 1,17 đến 3,42 triệu người [21].
• Craig Etcheson ở Trung tâm Tài liệu Campuchia (DC-Cam, Documentation Center of Cambodia) ước tính giữa 2 và 2,5 triệu người, "nhiều khả năng" là 2,2 triệu người. Sau năm năm nghiên cứu các mộ tập thể, ông kết luận rằng "các mộ tập thể chứa hài cốt của 1.386.734 nạn nhân bị hành quyết" [17].

Từ 1979 đến 1980 có thêm 300.000 người chết do hậu quả của chính sách diệt chủng [22].